Het beheergebied van het Waterschap maakt deel uit van het Rijnstroomgebied. Dit gebied strekt zich uit van Zwitserland tot de monding in Nederland. Het beheergebied van het Waterschap beslaat de provincie Flevoland en de woonwijk Lemstervaart (gemeente Lemsterland, provincie Friesland) en de Blokzijler Buitenlanden (gemeente Steenwijkerland, provincie Overijssel).
Binnen de dijken van Oostelijk en Zuidelijk Flevoland en de Noordoostpolder voert het Waterschap het actieve beheer. Buiten de dijken is Rijkswaterstaat verantwoordelijk voor het kwantitatieve en kwalitatieve waterbeheer. Zodra buitendijks, binnen de aangegeven grenzen van het beheergebied, gebieden ontstaan die vragen om actief waterbeheer, dan is het Waterschap daar formeel de aangewezen beheerder van het watersysteem.
Typerend voor het beheergebied van Waterschap Zuiderzeeland is de mate waarin de mens heeft ingegrepen. Waar de mens in de andere delen van Nederland ingreep in het natuurlijke watersysteem, is binnen Zuiderzeeland het gehele watersysteem kunstmatig. Dit is herkenbaar aan de rechte lijnen in het landschap en de regelmatige verkaveling.
