In 1996 werden de kwantiteitswaterschappen in West-Overijssel met het Zuiveringsschap West-Overijssel gefuseerd tot het Waterschap Groot Salland, dat voorlopig nog het kwaliteitsbeheer in de Noordoostpolder bleef uitvoeren. Als gevolg van de herstructurering van het waterschapsbestel in Flevoland besloot de provincie om met ingang van 1 januari 2000 Waterschap Zuiderzeeland in te stellen als all-in waterschap in Flevoland.
Op maandag 3 januari 2000 ging Waterschap Zuiderzeeland officieel van start. Ons waterschap is ontstaan uit een fusie tussen Waterschap Noordoostpolder, Heemraadschap Fleverwaard en een deel van het Waterschap Groot Salland.
Het bestuur van het waterschap bestond na de oprichting, naast de dijkgraaf, uit 25 personen. Achttien aangewezen door Fleverwaard, vijf door Noordoostpolder en twee door Groot Salland. Het ‘overgangsbestuur’ bestond uit bestuurders van de drie waterschappen waaruit Zuiderzeeland is ontstaan. Zij bestuurden Zuiderzeeland tot de verkiezingen die eind 2000 plaatsvonden. Na de verkiezingen trad een nieuw bestuur aan.
Na de oprichting waren de medewerkers tijdelijk gevestigd in het voormalige gebouw van Fleverwaard. Een half jaar later verhuisden de medewerkers van Zuiderzeeland naar het nieuwe gebouw aan de Lindelaan te Lelystad.
