Organogram
De organisatie houdt zich bezig met de feitelijke bedrijfsvoering. Hierbij staan de bestuurlijke doelen centraal. Het Algemeen Bestuur neemt de belangrijkste beslissingen. Zij bepalen de ambities van het waterschap. Of hoofdlijnen bepalen ze wat ze willen bereiken en stellen geld beschikbaar om het werk te doen. Het college van Dijkgraaf en Heemraden is verantwoordelijk voor de realisatie.
Waterschap Zuiderzeeland is een lijnorganisatie. Het waterschap heeft een tweehoofdige directie. In een MT (managementteam) adviseren onder andere de afdelingsmanagers de secretaris-directeur over besluiten die hij moet nemen. De organisatie kent de volgende afdelingen: Bestuur en Bedrijfsvoering, Dienstverlening en Informatie, Zuiveringen en Gemalen, Waterbeheer, Ontwikkeling, Advies en Regie en Programma en Projectmanagement.