De activiteiten die het waterschap uitvoert om de hoeveelheid vervuilende stoffen in het water te verminderen zijn beschreven in de nota Zicht op Waterkwaliteit.
Een goede waterkwaliteit is ook af te lezen aan een gezond waterleven: de ecologie. Hiermee bedoelen we de planten en dieren die in het water leven. Vanuit Europese doelstellingen voor waterkwaliteit (KRW) zijn de volgende groepen van belang: algen, water- en oeverplanten, macrofauna (kleine ongewervelde dieren als bijvoorbeeld waterkevers, muggenlarven) en vis.
Daarnaast kijken we naar beschermde dier- en plantensoorten (zoals amfibieën). Hiervoor staan regels beschreven in de Flora- en Faunawet, EHS en Natura2000. Een goede ecologische kwaliteit is niet alleen afhankelijk van een goede inrichting en goed beheer. Vervuilende stoffen mogen bij voorkeur niet of nauwelijks aanwezig zijn. In veel tochten in Flevoland heeft het waterschap de afgelopen jaren maatregelen uitgevoerd die de leefomstandigheden voor het waterleven verbeteren, zoals de aanleg van duurzame oevers. Daarnaast is het maaibeheer aangepast, om het verstorende effect hiervan te verminderen.